Kafka Hibino, homme de 32 ans, employé d'une entreprise de nettoyage de Kaijus, monstres d'origine inconnue mais hostiles à l'être humain, se retrouve mêlé dans les combats opposant les Kaijūs à la Force de Défense contre les Kaijūs. Malgré ses efforts pour intégrer cette prestigieuse institution, Kafka Hibino, n'y parvient pas… Mais cela va changer lorsque, lui-même, devient un Kaiju1. Il va être poursuivi par le kaiju n°9.