En 2019 Taiju, un lycéen comme les autres, annonce à son meilleur ami Senku, un génie des sciences, qu'il est sur le point de révéler ses sentiments à Yuzuriha, une fille dont il est secrètement amoureux depuis quelques années. Alors que le jeune homme s'apprête à déclarer sa flamme, une lumière brillante apparaît dans le ciel et transforme toute l'humanité en statues de pierres. Lorsque Taiju réussit finalement à se libérer grâce à l'aide de son meilleur ami Senku, il se retrouve face à un monde complètement différent où la nature a repris ses droits. Son ami Senku, qui l'a précédé dans son éveil, lui annonce que 3 719 ans se sont écoulés depuis le mystérieux événement : la pétrification. Ensemble ils devront allier les compétences scientifiques exceptionnelles de l'un et les aptitudes physiques de l'autre pour sauver les 7 milliards d'êtres humains encore pétrifiés et découvrir l'origine de cette catastrophe.